两院分为政务院，军务院，直接对陛下负责。
政务院：设政务大臣四人，下设13部，协助陛下处理帝国政务，并交由陛下最后裁决。
教育部：主管大秦百姓的文化学习，思想教育，官员考核，为陛下选拔人才。
下设各类专业学院为帝国培养人才。
商务部：掌管大秦所有的商业往来，为大秦提供源源不断地财富。
外交部：主大秦与其他国家，部落，民族的外交事宜，以及帝国的各式祭礼，大典。
民部：掌全国疆土、田地、矿产、人口，让陛下对大秦了若指掌。
财政部：负责帝国的税收，帝国各项开支，官员，士兵的俸禄发放。
司法部：掌管帝国牢狱，刑罚，审案，判案。
帝国安全部：负责帝国境内，盗贼，土匪等违法人员的抓捕，保护百姓免受犯罪分子的威胁，下设保卫部队，每县设安全卫百人，每郡设安全卫三千人。
科技部：负责研究帝国的各项军用，民用技术。
提高帝国的综合国力。
建设部：负责帝国各种设施，城池的规划建设。
工程部：负责帝国各类军事装备的制造，民用物质的制造，储备。
宣传部：负责大秦各项政令的下发，宣传，执行。
监察部：负责监察管理各部门，设立监察卫。
负责国内的情报刺探工作。
军务院：设军务大臣四人，下设6部。
负责帝国国土防御，对外征战等军事行动类事宜，并交由陛下最终决断。
统战部：负责军事行动的直接实施，军队的配置，士卒的调拨。
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